Pondok pesantren merupakan pusat pendidikan Islam, dakwah dan pengabdian masyarakat yang tertua di Indonesia. Pondok pesantren diakui sebagai sistem dari lembaga pendidikan yang memiliki akar sejarah dengan ciri-ciri yang khas. Hal ini terbukti dengan kenyataan bahwa Pondok pesantren saat ini masih menampakkan keaslian, kebhinekaan, dan kemandirian walaupun usianya setua islamisasi di negeri ini.

Kondisi obyektif menunjukkan bahwa dekade terakhir ini mulai dirasakan ada pergeseran peran dan fungsi pesantren. Peran pesantren sebagai dakwah candramuka orang yang rasikh fi ad-din (ahli dalam pengetahuan agama) terkait norma-norma praktis (fikih) dan Ushul fikih semakin memudar. Hal ini disebabkan antara lain desakan gelombang modernisasi dan globalisasi.

Dari sinilah pentingnya dibentuk lembaga secara khusus intens mempersiapkan kader-kader ulama yang memiliki fungsi integritas ilmiyah, Amaliyah dan akhlaqiyah. Maka pada tahun 1998 muncul gagasan di kalangan Masyayikh Pondok Pesantren Babakan Ciwaringin untuk mendirikan wadah pendidikan takhosus bagi santri-santri mutakhorij Aliyah Madrasah Al-Hikamus Salafiyah.

Wadah ini kemudian diberi nama Ma’had Aly Al-Hikamus Salafiyah dan mendapatkan SK Dirjen Pendis No. 3002 Tahun 2016, Nomor statistik Ma’had Aly: 241232090001 sebagai perguruan tinggi agama Islam yang berbasis kitab kuning dalam mewujudkan tujuan tafaquh fi ad-din spesifikasi fikih, Ushul Fikih dan Maqosid Syariah.